公元2019年，林肯·6E( Lincoln Six Echo，伊旺·麥奎格飾)以及喬丹·2D(Jordan Two Delta，史嘉蕾·喬韓森飾)和數百名居民一起居住在一個與世隔絕的類似於烏托邦的社區。在這個受到嚴密控管的高科技大樓中，他們和其它的居民一樣，每天生活的一舉一動都受到監控。而要脫離這種沒有自由的、無比乏味的生活的唯一的機會就是被選中前往所謂的「神秘島」。因為他們被告知，在歷經一場生態浩劫之後，除了居住在這裡的人是有幸生還者外，全世界的人類都因為污染而已經滅絕了，而「神秘島」就是地球僅存的未受污染的世外桃源。
