目前對於灰指甲,最有效的治療方法是口服抗黴菌藥,例如terbinafine(台灣藥品名稱包括:療黴舒錠、黴癒錠、克黴先錠、克黴淨錠等)與itraconazole(台灣藥品名稱包括:適撲諾膠囊、易克黴膠囊、安去黴膠囊、抑可佐"山德士"膠囊等),若為足部的灰指甲,需口服12週的時間;若為手部甲癬,則需6週的療程。但口服抗黴菌藥由肝臟代謝,所以服藥期間需定期追蹤肝指數。若肝功能異常者,可能有加重肝臟負擔的疑慮,可考慮改用灰指甲專用的外用藥amorolfine,如Loceryl®(樂指利)、Emoller®(易黴樂)、Amoza®(黴甲淨) nail lacquers,一週使用一至兩次即可