科學家已經知道益生菌很容易受到加熱和胃酸的破壞，許多益菌在到達腸道前，就已經被消滅掉。像是丹麥哥本哈根大學（University of Copenhagen）Nadja Buus Kristensen博士生2016年5月份發表在《基因體醫學》（ Genome Medicine）期刊的一項研究報告，其中研究人員針對七個臨床試驗進行系統性回顧研究。在每一項試驗中都分析了益生菌對於健康成年人的糞便微生物群的影響。結果發現，單獨僅僅補充益生菌的參與者與對照組相比，其腸道菌相並沒有顯著差異。也就是說，單獨補充益生菌時，確實有少部分益生菌可以通過胃及小腸，到達大腸，但是卻沒有達成”調整腸道菌群”的目的。
另外，2017年4月份多倫多大學（University of Toronto）博士後研究員斯考塔斯（Mary Scourboutakos）與教授寇梅莉（Elena Comelli）、萊比（Mary L’Abbe）等人的研究發現，大多數加拿大市售優酪乳或優格類產品中益生菌的數量，都沒有到達足以對健康有益的標準，按照加拿大衛生部的要求，標示為含有“益生菌”的每份優酪乳產品，應該必須含有至少10億個益菌，但實際上卻遠遠達不到。也就是說，光攝取1份根本不夠，可能至少要喝到2份才能符合益生菌數目的要求，但熱量又會太高。
結論告訴我們，不僅益生菌的數目要夠，而且益生菌必須確實能夠把壞菌取代掉，才能對健康有所助益。2017年7月份由加州大學Prasant K. Jena博士發表在《美國病理學期刊》（The American Journal of Pathology）的一項動物研究發現，利用Lactococcus, Lactobacillus,及Coprococcus等益生菌確實取代壞菌後，可以預防和治療脂肪肝，避免肝臟因為慢性發炎而進一步惡化成為肝癌。
此外，腸道菌還會影響減重的成效。2017年1月份美國聖路易斯華盛頓大學(Washington University in St Louis)發表在《病原微生物學期刊》（ Cell Host & Microbe）的研究報告指出，腸道菌和宿主的飲食習慣會相互影響，平時飲食習慣不健康者，腸道菌的多樣性降低，害菌會佔優勢，造成宿主減重失敗。