研究發現,喝咖啡與天門冬氨酸轉氨酶(aspartate aminotransferases;AST;GOT) 、γ - 谷氨酸轉移酶(gamma-glutamyl transferase;GGT) 和丙氨酸轉氨酶( a l a n i n eaminotransferase;ALT;GPT)的下降相關,雖然咖啡對肝臟的保護作用機轉尚不清楚,但已確知其中咖啡因會拮抗腺苷酸受體A2,反而是有害的,所以討論其對肝臟的保護作用時,要考量咖啡因以外的其他因素。
有研究發現,無論是病毒、酒精、藥物或其它因素,習慣性地飲用咖啡可以保護肝細胞的損害,減少肝功能異常、肝硬化或肝癌的風險,在細胞學的研究,發現咖啡酸可抑制C型肝炎病毒的增殖,但有些研究也發現,喝咖啡對於A、B或C型肝炎等病毒性肝炎無效。