伽利略 (Galileo) 因認同日心說受審,被判決軟禁。直至1992年教宗若望保祿二世 (Pope John Paul II) 承認教會過去對迫害伽利略是嚴重錯誤,恢復他的名譽。就連聖女大德蘭 (St Teresa of Avila) 與聖依納爵 (St Ignatius of Loyola) 的密契主義精神,也曾被宗教裁判所審查。
羅馬宗教裁判所於 1965 年易名為神聖信理部,至 1985 年刪除「神聖」一詞,即今天的信理部 (Sacred Congregation for the Doctrine of the Faith)。