認知功能受損：睡眠呼吸中止會影響到大腦的認知功能，例如人事時地物的認知。患者可能會出現記憶力下降、思考能力減弱，甚至是失智等問題。如被問及三天前的午餐地點時，如果需要花費大量時間思考還是無法回憶起來，這可能是認知功能受損的表現之一。
呼吸動作受影響：睡眠呼吸中止也會影響到大腦皮質控制呼吸的功能。當呼吸暫停時，可能會導致呼吸變得不規則或減弱，進而影響到身體吸氧和排出二氧化碳的功能。
心臟血管負擔增加：長期缺氧也會對心臟和血管造成負擔，可能增加心血管疾病的風險。
在《The New England Journal of Medicine》的一項研究指出，有嚴重睡眠呼吸中止者，中風致死率是沒有此症狀者的三倍之多。這主要是由於缺氧導致自由基生成，進而導致腦血管的病變，包括動脈硬化等，使得血管變得脆弱，增加了中風的風險。此外，睡眠呼吸中止也會導致交感神經的過度活躍，進而引起血管收縮異常。長期下來，這種自律神經失調可能會導致血管動力學的改變，增加了中風的風險。