小城隍爺俗名朱一貴，人稱鴨母王，曾率領鄭成功遺臣及抗清志士共同起義，佔取整個台灣，並登基踐祚，後為清軍所滅。死後由於遺臣為感念祂，於清同治年間以石子砌成小廟祭祀。
光緒年間，方馬德先生（現任主任委員吳方愛珠之父）因感念觀世音菩薩慈悲靈驗，多次顯化相助，並指示必須移居府城，方馬德先生在百思不解之下而南遷，當舉家行至台南小南門附近時，經觀世音菩薩指點必須護持城隍爺光威城域，鞏護隍都，逐而重修舊廟，虔誠供奉。
小城隍廟原為明末遺臣義士之祠堂，伴隨著諸將士之古石碑，早期香火甚微，由於小城隍爺庇佑眾生、消災解厄、指點迷津，神威遠播，香火鼎盛，終年不斷。在主事者吳方愛珠女士及其全家敬虔供奉，熱心籌劃之下，始成今日格局。
小城隍廟原為小祠堂及古石碑，變成全台眾所皆知的台南小城隍廟，皆因眾生因緣際會而成。主事者緬懷神恩，秉持服務熱忱之心，推展里政廟務，德望齊揚小城隍廟香火鼎盛，信眾遍及南北，分香酬神者絡繹於途，神佛萬眾同歸，共扶城恩隍惠。
