本宮創建於清咸豐年間，原祀「天、雷、朱、許」四府千歲爺，
並稱「天王爺館」，其由來為現今廟址後有一古河道，一艘無人船漂來並停靠
在廟後，附近居民便登船發現「天、雷、朱、許」四府千歲爺、十二班頭、
中軍府等神像，故附近居民便迎回安奉，由於附近有港口﹙在現今裕民社區
裡，稱為哨船港﹚，造成該地區人口漸多，香火日益鼎盛並成為該地區的
精神信仰中心。後來又增祀「北極玄天上帝」，並以祂為鎮殿主神，
並將原來稱天王爺館改稱「菱洲宮」﹙該地區由德慶溪與其支流沖積而成的沙
洲，在兩條水路之間蜿蜒延伸向西，陸地忽寬忽窄，傳說早年有位胡舉人觀其
地形狀如菱角，故被稱為「菱洲」﹚。
後來，南鯤鯓代天府五府千歲前來台南府城進行代天巡狩之職務行經本宮，
適逢本宮主神北極玄天上帝公祖降駕行醫濟世，本宮主神上帝公祖便邀請
五府千歲一同駐駕，五位王爺也欣然答應，也要求信眾將金身雕成花面無鬚以
便五位王爺皆能附駕，並以范府千歲為主要神靈。故現今菱洲宮內供奉
「北極玄天上帝」、「天、雷、朱、范、許五府千歲」，由於神威顯赫，
在民間流傳許多廟內神明顯聖救人的故事。
另外廟內後面增建佛祖殿，內有供奉三寶佛祖、觀世音菩薩，
並於民國八十六年啟建三朝慶成祈安建醮大典，本宮規模在此慢慢定型。
民國九十四年五月二十一日下午七時左右，本宮管理人員進入廟內時，
發現安奉在大殿上的「開基朱、雷、許三千歲」神像不翼而飛，
隨即通知警方，隨後神明指示神像失竊時間為「六點三十分」，並要求信眾
「觀大駕」前往尋找，但因無直接證據證明神像在該戶人家，故回到廟中神明
便畫下六道符令，要求每天點香時便化一道符令，並明確指示最快三天最晚六
天，神像便會自動送回，果然在案發後第三天〈也就是五月二十四日〉
晚上九點半，一通無名電話告知神像已被放置在廟址不遠處的公園裡，
一群信眾前往察看果真神像被放置在公園裡，結束神像流浪的日子。
期間除調閱隔壁小北百貨的監視錄影器，結果除清楚拍下三位竊賊的面貌
外，神像也自塑膠帶掉出，讓大家確定就是這三人所為，另外除拍下竊賊的面
貌外，監視錄影器也顯示在「六點三十一分左右」拍到，與之前指示
「六點三十分」不謀而合，電視台及各大報紙都有報導此事件，更增添神明神
威顯赫的事蹟。