福隆宮所在地昔時屬台南府治鎮北坊，位於大北門城内東南向，
為當時永康、新市、新化、玉井北向等地農產品銷售至府城匯集之米市，居民聚居成街，
繁華一時，稱為「市仔頭街」，而今立人路元和宮一帶，當時多為蕃薯交易，稱為「蕃薯簽市」，
大南門内則為「菜市」，同為古舊街名也。
府城多為福建省泉州府同安縣白礁移民，故奉祀保生大帝至誠，有開山宮、良皇宮、興濟宮，
明末清初於土墼埕尚有慈濟宮。福隆宮之肇建當在明末永曆年間，係先民移墾時，為求海途平安，
自福建省同安縣白礁迎奉保生大帝來台。隨後市仔頭街逐漸繁榮，嘉慶７年歲次壬戊，乃倡議立廟，
内外境民捐建，大帝神靈顯赫，信者雜沓。同治元年被劃歸八協境，即福隆宮、東嶽殿、大人廟、
祝三多、彌陀寺、龍山寺、聖王公廟、龍泉井。福隆宮與三老爺宮、東嶽殿、大人廟四廟交情至深，
逢其中一間廟宇醮典，另三間則需「聯普」，自古既今都沒有例外，顯見其靈赫孚應。
道光及光緒年間，均有修葺，民國２０年，吳寶燦、陳登懷、黃杜、王德成、
陳添丁等為本廟管理人。爾後，因日人領台，拆大北門城，築鐵路，大北門城内建公園，
交易腹地驟失，市仔街乃漸趨沒落成六米不及窄巷，居民或另謀生計它遷，致該廟一時荒廢。
壬辰歲次民國４１年，農曆１２月成立首屆管理委員會，重理宮務，保生大帝及吳府三千歲濟世救人，
靈通三界，威伏群魔之顯聖事蹟，四方傳聞，前來祝禱者日增，香火鼎盛，威名再興。歲次乙未，
莊新全、張添壽、黃進成、郭水源、曾大池、陳大抱、李春標等發起募捐修建，
民國４５年丙申歲次仲秋，終告完竣，規模始具，己亥年農曆１２月建醮。因樑腐蝕飾剝，
依大帝暨吳府千歲降臨指示，乃於民國７０年歲次辛酉農曆６月２２日擇吉動工，７１年農曆２月１日
拆除舊廟重建，於民國７８年３月全部峻工，
並於同年歲次己巳農曆１０月１５日舉行三朝慶成祈安清醮大典，祭典盛況，鬧喧隆重。
辛巳年布口整修、牌樓啟建慶成復舉行三朝建醮大典。
福隆宮正殿主祀保生大帝，吳府千歲、關聖帝君陪祀在旁，
孫、斌二尊軟身將軍則為全台白龍庵祭祀之神，屬五福大帝鍾部堂駕前兩將軍，因西來庵事件，
日人毀總鎮署前白龍庵，乃輾轉改祀福隆宮。後殿奉祀觀音佛祖、註身娘娘、福德正神。
農曆３月１５日保生大帝聖誕最為隆重，照例均舉行祀典科儀，延聘道士誦經禮懺，消災植福，
梨園酬唱。吳府千歲則是農曆９月１５日，于蘭勝會農曆７月１２日。