彰化市有二座主要信仰的媽祖廟，一為官建的媽祖廟，稱為「彰化內媽祖」，位於永樂街。另一座為香火鼎盛的南瑤宮，因建於彰化縣城南門外，故早年稱為「外媽祖」。
南瑤宮的歷史悠久，據聞為笨港楊姓工人攜帶媽祖香火，至彰化縣城南門外應募瓦窯工作，其隨身所攜帶笨港天妃廟的香火，得神靈顯應，深受民眾信仰，而共祀於福德廟內。
《彰化縣志》：「…天后聖母廟，…一在邑南門外尾窯，乾隆中士民公建，歲往笨港進香，男女塞道，屢著靈應…」，說明南瑤宮於乾隆中葉由士民倡議興建。初建之時，廟地不及十坪，至清嘉慶7年（1802）由彰化鄉紳再倡議重建，廟貌拓增五倍，日後歷經清道光、光緒年間重修，始具規模。
大正元年（1912）南瑤宮組織改築會，並推舉士紳吳汝祥、楊吉臣、吳德功、李崇禮等人，倡議重建正殿（今觀音殿），並聘請陳應彬匠師主持，正殿的型式以西方的建築語彙及日式的風格為主，大正5年（1916）完成正殿（今觀音殿）工程。
大正9年（1920）南瑤宮董事咸認為正殿（今觀音殿）基礎不實，砌造不牢而倡議改建，將原正殿改為觀音殿，另聘請吳海同主持正殿的設計，由老二媽會大總理林金柱、副總理林泉州負責重修工程，至大正13年（1924）完成正殿的工程。
正殿完成後，於昭和元年（1926）聘請泉州匠師王益順之侄王樹發主持三川殿的重修，並由惠安石匠蔣馨承做三川殿石雕，至昭和11年（1936）完成南瑤宮的建築。
昭和16年（1941）南瑤宮因地震影響，正殿屋脊受損，而進行局部整修。光復後，民國49年聘請鹿港彩繪匠師郭新林至廟內彩繪，民國60年新建淩霄寶殿，民國74年4月25日指定為第三級古蹟。