清朝道光年間，台南縣學甲寮人（今台南縣學甲鎮境內）莊朝，移民到今安南區學甲寮，在移民過來時，由學甲慈濟宮請來二尊神像，一為保生大帝，一為中壇元帥。而原居住在學甲苓仔寮的黃笑、黃文治二位移民，則從其故里的保濟宮迎請一尊池府千歲金身。而其他庄民又由「岡山超峰寺」（今高雄縣岡山鎮大岡山風景區內）請來如來佛祖一尊，共四尊神像，稱之為「四大正神」。
昭和十二年〈丁丑年西元1937年〉興建公厝一座，迎入四大正神，名為慈興宮。自此，成為學甲寮地區民眾的信仰中心。後來，曾捐獻廟地給台南市政府，興建教室六間，設立南興國小學甲寮分班（今南興國小學東分校前身）；並於民國六十七年另購新址，重建慈興宮，自成今日廟貌。
